Marmara Üniversitesi İlahiyat Fakültesinden mezun oldu. Aynı üniversitede yüksek lisansını, İstanbul Üniversitesinde doktorasını tamamladı. Hâlen İstanbul Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Felsefe Bölümü Türk-İslâm Düşünce Tarihi Anabilim Dalında öğretim üyesi olarak görev yapan Kaya’nın çalışmaları İbn Sînâ, Âmirî ve Gazzâlî’nin düşünce dünyaları, klasik sonrası dönemde felsefe, İslâm felsefesi tarihi yazıcılığı ve Osmanlı-Türk modernleşmesi sürecinde felsefenin konumu üzerine yoğunlaşmaktadır.